Suuri Äyräpäänjärvi oli laajan Keski-Kannaksen kylä- ja kartanoyhteisön keskus, joka tarjosi lukuisia virkistys- ja elinkeinomahdollisuuksia. Järvi oli myös tärkeä liikenneväylä, sillä se oli yhteydessä Vuokseen Puratsinsalmen ja Salmenkaidan kautta.

Vuoksen laskureitin muuttumisen seurauksena vuonna 1857 Äyräpäänjärven vedenpinta laski nopeasti 2-3 metriä. Laskun myötä järvi kutistui huomattavasti, sillä suhteellisen matalan järvialtaan rannat olivat hyvin loivat. Järvi jakaantui lopulta kahteen
erilliseen osaan.

Laskun seurauksena kauniina ja kalaisana tunnettu järvi muuttui lietealtaiksi, jotka pirstoutuivat osittain vielä pienemmiksi altaiksi. Yhteenlaskettuna lietealtaiden pinta-ala oli noin 6000–7000 hehtaaria. Tästä alkoi järven ekologinen muuntumisprosessi, joka vaikutti koko alueen ympäristöön sekä väestöön.

Muutaman vuosikymmenen aikana lietteet muuntuivat kasvillisuuden sitomiksi maatumanevoiksi, jotka muuttivat nopeasti alueen ekologista luonnetta. Hyllyvät ja vetiset lietteet muodostivat erinomaisen lisääntymisalustan paarmoille ja muille hyönteisille. Erityisen sovelias alue oli linnuille, ja siitä muodostuikin todellinen lintuparatiisi.

Äyräpään asukkaat hyödynsivät muuntunutta järveä luhtaniittyinä ja laitumina. Alueen lietepohjaiset niityt tukivat karjatalouden kehitystä, sillä lietteessä kasvoi ravintorikasta kortetta, joka sopi lehmien rehuksi. Hyllyvä liete ei kuitenkaan kantanut hevosta, joten niittotyöt piti tehdä ihmisvoimin. Rehun lisäksi Äyräpään järven lietealtaat tarjosivat myös runsaasti ravinteikasta lannoitetta pelloille.

Järven ekologinen muuntuminen vaikutti osittain rakennettuunkin ympäristöön. Useat vanhat rantarakennukset ja laiturit jäivät autioiksi. Toisaalta voimistunut karjalatalous edellytti uusien navettarakennusten rakentamista sekä järveä ympäröivien laitumien aitaamista. Huomattavin muutos oli kuitenkin useiden satojen latojen rakentaminen, joihin varastoitiin niitettyä kortetta.

Suomen itsenäistymisen jälkeen vuonna 1917 Äyräpäänjärven lopullinen kuivattaminen nostettiin tärkeäksi alueellisen kehittämisen hankkeeksi. Kuivattaminen olisi muuttanut maatumanevat pelloiksi ja laitumiksi, mutta lintuharrastajat ja ympäristönsuojelijat vaativat järven säilyttämistä koskemattomana.

Äyräpäänjärven suojelusta käytiin kiivas taistelu, joka oli yksi ensimmäisistä suomalaisista ympäristönsuojelukonflikteista. Kiista kohdistui aluksi metsästykseen. Alueen maanomistajat halusivat kuivattaa järven ja saada suuremman hyödyn järven ympäristön runsaasta linnustosta. Luonnonsuojelijat puolestaan vetosivat Viipurin läänin maaherraan Arvo Mantereeseen, joka kielsi kaiken metsästyksen Äyräpäänjärvellä ja Muolaanlammella 5.8.1927.

Lopulta maaherra Mantere ehdotti valtioneuvostolle järven rauhoittamista valtion luonnonsuojelualueeksi. Valtioneuvosto hyväksyi maaherran ehdotuksen, ja kehotti tätä ryhtymään toimiin järven rauhoittamiseksi pysyvästi. Rauhoituspäätöstä perusteltiin muun muassa Einari Merikallion Äyräpäänjärven linnustoa käsittelevän tutkimuksen avulla. Kyseinen tutkimus muotoili pitkälti myös järven suojeluohjelman.

Maanomistajat tyrmistyivät maaherran toimista ja kiistely luonnonsuojelijoiden, valtion sekä maanomistajien välillä jatkui kiihkeänä 1930-luvulla. Lopulta järven kuivattamista ajavat tahot pääsivät niskan päälle, ja eduskunta myönsi määrärahan hankkeen aloittamiselle 1930-luvun lopulla. Viipurin läänin maaherra kuitenkin keskeytti toistamiseen hankkeen valmistelun vaatien hankkeen luontoarvojen selvittämistä.

Talvisota keskeytti kiistelyn vuonna 1939, kunnes järvi palautui Suomelle jatkosodan myötä. Vuonna 1942 järven kuivatussuunnitelmat kaivettiin taas esille, mutta sota keskeytti hankkeen toteutuksen. Äyräpäänjärvi jäi kokonaisuudessaan Neuvostoliiton haltuun vuonna 1945.

Sotien jälkeen järvi ja sen lietealtaat kehittyivät erinomaiseksi pesintä- ja levähdysalueeksi linnuille. Järven maantieteellinen sijainti oli sopiva monien pohjoisten lintulajien muuttoreittien kannalta, ja alue tarjosi muuttolinnuille hyvän lepäämispaikan matkalla Suomenlahdelta kohti Laatokkaa ja pohjoisen taigan pesimäalueita.

Neuvostoliiton aikana tapahtunut rantaluhtien umpeenkasvu ja niin sanottujen tulvaniittyjen katoaminen vähensi erityisesti sorsalintujen ja kahlaajien määrää. Toisaalta rantojen metsittyminen mahdollisti kuitenkin uusien lintukantojen asettumisen alueelle. Äyräpäänjärven tarjoaman ainutlaatuisen ekologisen ympäristön ansiosta alueella suoritettiin mittavia tieteellisiä tutkimuksia, joissa tutkittiin muun muassa alueen kasvillisuutta, eläimistöä ja hydrologiaa.

Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen Äyräpäänjärven lintuparatiisi on ollut niin venäläisten kuin eurooppalaistenkin lintuharrastajien sekä metsästäjien kasvavassa suosiossa. Merkittävä avaus alueen matkailulle oli Suomen silloisen pääministerin, Kalevi Sorsan paljon kuuluisuutta saanut souteluretki Äyräpäänjärven Eteläjärvelle vuonna 1990.