Ensimmäiset maininnat Käkisalmen linnasta ovat peräisin 1200-luvun lopulta. Aluetta tutkineet arkeologit ovat kuitenkin ajoittaneet vanhimmat linnasaaren esineet jo 700 - 800-luvuille, jolloin saari ei tosin ollut vielä linnoitettu.

Käkisalmen linnan alkuperäisistä rakentajista ei ole tutkijoiden keskuudessa yksimielisyyttä. Toiset tutkijat pitävät sitä ruotsalaisten, toiset karjalaisten Vuoksen suuhun rakentamana kylälinnana. Vuonna 1294 linna siirtyi ruotsalaisilta novgorodilaisille. Tämän jälkeen venäläiset hävittivät linnan ja rakensivat sen uuteen paikkaansa.

Linna pysyi pääasiallisesti venäläisten hallussa aina vuoteen 1580 saakka, jolloin ruotsalainen sotapäällikkö Pontus De la Gardie valloitti sen. Ruotsalaiset loivat linnoitukselle uuden asun rakentamalla linnasaarelle kivivalleja sekä niihin liittyviä torneja ja bastioneja. Ruotsalaiset joutuivat kuitenkin luovuttamaan linnoituksen venäläisille Täyssinän rauhassa vuonna 1595.

Vuonna 1611 Pontus De la Gardien poika, sotapäällikkö Jakob De la Gardie valloitti linnan takaisin ruotsalaisille, mutta venäläisten onnistui saada se haltuunsa isonvihan alussa vuonna 1710. Tämän jälkeen linnoitus ei ole ollut enää sotatapahtumien kohteena. Venäläinen sotaväki piti linnaa hallussaan vuoteen 1850 saakka, jolloin se siirtyi alueineen Suomen valtiolle. Tästä eteenpäin linna oli nelisenkymmentä vuotta tyhjänä, kunnes sitä ryhdyttiin korjaamaan muinaismuistoksi vuonna 1887. Vuonna 1889 linna sisustettiin mielisairaalan käyttöön, ja vuonna 1894 linnan torniin sijoitettiin Käkisalmen kaupungin omistama kansatieteellinen museo.